В составе крымской дороги находятся три локомотивных депо: в городах Симферополь, Джанкой, Керчь; большое вагонное депо в Джанкое, два пассажирских депо с ремонтной базой, одно моторвагонное депо, дистанции пути, сигнализации и связи, электрификации. Отсутствует собственная путевая машинная станция (ПМС) для капитального ремонта пути.
До 2014 года станции дирекции работали преимущественно на выгрузку, обеспечивая основную долю годовой перевалки портов Крыма, в 2013 году составлявшую 11 млн тонн. Основная погрузка — вывоз флюсов с Балаклавского карьерного управления.
